Логотип включает в себя несколько символических образов. Внешний силуэт логотипа напоминает щит — символ надёжности, защиты и безопасности. При этом, правая половина щита — не что иное, как сердце, олицетворяющее заботу и бережное отношение к здоровью людей. Левая половина — стилизованная буква Б, начальная буква фамилии основателя Центра, а также первая буква в слове «биофизика», обозначающем базовую основу всей деятельности центра.